Epilepsi tanısında diğer önemli laboratuar tetkiki magnetik rezonans görüntüleme yani MRdır. MR çekiminde amaç beynin yapılarının detaylı görüntülenmesidir. Epilepsiye yol açabilecek beyinle ilgili anatomik değişiklikler MR ile kolayca saptanabilmektedir. MR çekiminde çocuğun kafasını hareket ettirmemesi gerekmektedir. Anne ve baba çocuğun yanında durabilir. MR çekiminde de EEG’de olduğu gibi çocuğa zarar verecek bir ışına ve benzeri etkene maruz kalma söz konusu değildir. Algılayabilecek yaşta olanlara cihaz tanıtılmalı, beyin resminin çekileceği söylenerek çocuk rahatlatılmalıdır. Cihazın çıkaracağı seslerin doğal olduğu belirtilmelidir. Gerekli durumlarda çocuk uyutularak veya hafif anestezi uygulanarak MR çekimi yapılabilir.
